저는 그런 경험이 없긴합니다만...
메일 계정 추가할 때 아웃룩/카카오/네이트/네이버/지메일 다 연결해도 메일만 연결하고 나머지는 다 끊어버립니다.
동기화 주체가 많으면 꼬일 가능성을 아예 무시할 순 없다고 봅니다.

마지막 질문에 대한 답은 아이클라우드만 연락처 동기화를 켠다. 네요.
백업이 필요하다면 한 번 정도 구글 동기화 켜고 끄거나 합니다.

메일 계정 설정할 때 여러 곳을 추가한 경우가 보통 이렇고요. 연결 전에 설정하면 폰 내부에 연락처가 구성됩니다. 문제는... 연락처 저장할 때, 사용자는 어디에 저장되는지 기본 저장소를 설정할 수 없습니다. 그래서 RaPo님이 말씀하신 것처럼, 연락처는 하나만 남기고 다 끊어버립니다.

제 경우, 아이클라우드 연락처에만 동기화 사용하고 별도의 앱으로 구글 연락처에 백업하고 있습니다.

사용하시는 항목이 많으면 아이클라우드가 맞고요. 실제 항목 다 넣어서 테스트해보시면 네이버와 구글에 저장되는 항목이 조금 씩 다르게 동작합니다. 구글은 자체 표준이 있고 나머지는 호환으로 운영되기 때문에 주의가 필요하나 95% 이상 정상적으로 저장됩니다. 네이버는 입력 가능한 항목이 부족합니다. 특히, 하나의 연락처에 여러 개의 전화번호나 이메일을 저장할 때 발생되는데요. 폰에서는 정상으로 표기되나 실제 사이트에 접속해서 보면 항목 자체가 없거나 사라진 상태가 되어 불완전한 연락처로 기록됩니다. 아이클라우드가 싫으시면 Outlook.com 같은 MS껄로 가세요.