금융감독원에 따르면 이스타항공의 지난 2023년 자본총계는 98억원, 자본금은 150억원으로 자본잠식률이 34.6%를 기록했다. 2022년 대비 자본잠식률이 감소했지만, 지난해 부채비율이 1261.7%로 높은 수준을 보였다.