사실 인간형 병기가 나오는 마당에 물리적인 설정을 디테일하게 따지는게 좀 과하긴 하지만요 ㅎㅎㅎ
약간의 억지 납득 요소로 본다면... 본편 중에서 액시즈 내부에서 취약한 부분을 노린다는 것이기도 하고
영화 아마게돈 처럼 외부에서 터져봐야 압력이 확산되서 행성이 쪼개지지 않는다는 연출도 있고하니 그냥 그런갑다- 하고 가는거죠.
그리고 토미노옹 작품이 뭐 명칭이나 자잘한 설정 등은 오류가 실제로 많기도 하고요.

총을 살살 맞아서 그런게 아닐까요 ?

내부에서는 갱도의 요소 요소에 폭탄을 설치해서 폭발로 갈라지게 한거고, 콜로니던 엑시즈건 외부 공격엔 크게 데미지가 없죠

손등에 콩알탄 몇발 터트리는거랑 꽉 주먹쥔 손안에 콩알탄 하나 터트리냐 차이인것 같습니다.

진공 상태에서 핵은 사실 아무짝에도 소용없는 무기 입니다.
웬만큼 큰 핵폭탄이 폭발한다고 하더라도 영향을 미치는 공간은 아주 제한적이지요.
핵폭탄이 폭발한다고 해도 대략 지름 500미터급의 고열의 원형구체인 열핵구 정도의
파괴력을 우주공간에서 발휘한다고 하죠. 그리고 그 열핵구도 금방 식어 버린다는...
우주는 아주 차갑더란 말이지요. 그리고 열 전파가 될 공기가 없더라는...
그래서 지구로 다가오는 소핵성을 핵으로는 파괴할수가 없다고 하죠.
때문에 소행성의 지각을 파서 굴 뚫은후에 내부에서 핵폭발을 일으켜서 쪼개는
SF영화가 한때 유행했더란 말입니다.아마겟돈이랄지....읍읍읍.

엑시즈도 같은 이치라고 생각하시면 됩니다.
외부에서는 효과가 없다. 그러나 밀폐된 내부에서는 폭발로 인한 진동(인공지진) 들으로
물체를 쪼갤수가 있을지도 모른다...가능한지는 알 수가 없더란 말입니다만..

사실 건담 초기 설정에는 개나소나 모두 핵바주카 들고 싸웠습니다...심지어 구형 자쿠도...
그런데 살포시 이 설정은 사라졌죠.
그리고 무적의 보라메 0083에 와서는 무시무시한 무기로 연방군 함대를 박살 내더란 말이죠.
사실 이게 전혀 말이 안되는 설정인데 말입니다.

그러나 핵이 우주에서는 별것 아니지만.
지구권내 대기권에서의 폭발은 무시무시한건 틀립없습니다.
공기라는 열과 파괴력을 전달할 매개체가 있어서 모든 걸 파괴하는 거지요.
우주는 진공이라 전달 매체가 없어서 별것 없는거구요..

명칭 관련해서는
루나2는 1979년작 건담(흔히 퍼스트 건담이라 부르는)에 등장했던 유서깊은 명칭입니다.
"피브쓰(5th) 루나"가 오히려 역습의 샤아에 새로이 등장한 '뜬금없는' 명칭이긴 하지요.

핵폭탄이 파괴된거지 기폭된게 아니여서가 아닐까요?

핵 기폭은 중성자를 쏴서 핵분열을 일으켜야되니까 빔라이플 맞는다고 기폭 되빈 않을겁니다. 실제로 미둔에서 핵 미사일 요격용 레이저 개발 시도 한적도 있구요