박정희도 이 사건에 연루되어 체포되었다. 그는 집안 어른들이 정해 준 김호남과 결혼하여 박재옥이라는 딸도 있었지만, 그 사실을 숨기고 이현란과 결혼을 전제로 동거하고 있었다. 이현란은 함경남도 원산시 출신이지만 공산당이 싫어서 월남했는데, 이 사건으로 인해 박정희에게 실망하게 되었고, 결국 두 남녀는 결혼하지 못하고 끝내 헤어졌다. 이후 이현란은 한국전쟁 때 대구에서 아주 우연히 마주친 것을 제외하면 박정희와는 다시는 만나지 않았고, 일반인(고등학교 교사)과 결혼해서 평범한 가정을 이루며 살다가 사망했다. 한편 박정희는 여순사건 이후 대대적으로 벌어진 숙군에 적극적으로 협조하여 살아남고 소장으로 진급, 4.19 혁명과 이승만 정부의 몰락 이후 혼란기에 5.16 군사정변으로 대통령의 자리에 오르게 된다.