애니메/게임 굿즈들은 다이마루, 파르코 같은 백화점에 유명 브랜드들이 많이 입점해있습니다.(닌텐도, 포켓몬, 캡콤 등)
다만, 말씀 주신 프로젝트 세카이 같은 경우에는 제가 관심이 없어서인지 모르겠습니다만, 백화점에 입점해 있는 걸 보진 못했습니다. 또한, 번화가에서도 단독 상점으로도 굿즈 상품들을 파는 브랜드(디즈니, 산리오)도 있습니다만 이 마저도 일본 애니메 쪽으로는 본 적이 없습니다(제가 몰라서 그럴 수 있습니다)

하츠네 미쿠와 같은 애니메 상품을 구입하려면 아키하바라를 가시는 게 가장 용이하실 겁니다.
다만, 애니메 별로, 캐릭터 별로 상품이 너무나도 많기 때문에
따님에게 대강 어떤 굿즈의 형태(인형, 스티커, 피규어 등등)와 어떤 캐릭터(하츠네 미쿠 등)를 원하는지, 우선 순위는 뭔지 등의 가이드를 받으시는 게 좋을 것 같습니다. 모르는 사람이 보면, 이거나 저거나 똑같습니다. 저도 피규어든 뭐든 일명 덕질을 좀 합니다만, 세부적인 니즈를 알고 가시지 않으면 정말 어렵게 구입하고도 따님께 고맙다는 말 못 들으실 수도 있습니다.ㅠㅠ

아키하바라에는 많은 상점들이 있습니다. 라디오회관, 애니메이트, 만다라케 등. 우선 유명 상점들 먼저 가보시고 구하질 못하면 다른 곳으로 가는 형태로 잡으시는 걸 추천 드립니다.

프로젝트 세카이는 전혀 마이너하지 않고 게임 계열 IP중 엄청 인기있고 핫한 분류입니다.
매장은 애니메이트쪽이 프로젝트 세카이 관련 굿즈가 많습니다. Animate